PCI realiza trabajos en las siguientes áreas:
En cuanto a los trabajos de Organización Comunitaria, la institución facilita espacios de intercambio de las comunidades, así como también acompaña iniciativas indígenas e indigenistas.
En al área de la Producción Agropecuaria con enfoque ecológico, la institución trabaja en el aseguramiento del agua en las comunidades, así como en el impulso de la producción diversificada de autoconsumo y la cría de animales menores, buscando la seguridad alimentaria y el mejoramiento nutricional de los pobladores de cada comunidad.
En cuanto a los trabajos en el ámbito de la Salud, se impulsa la valorización de la salud tradicional, así como también se realiza la intermediación entre instituciones de salud pública y las comunidades.
En lo que se refiere a los trabajos de Comunicación, se producen programas de radio en los idiomas autóctonos, emitidos por los medios de comunicación masivos de la región, como también se producen documentales relacionados a temas sensibles en cada una de las comunidades: la tierra, la organización, la seguridad alimentaria, etc. Hay que mencionar que la institución cuenta con Audio-videoteca importante, que tiene registros orales y audiovisuales, y un archivo de imágenes temático.
En lo referente a los trabajos de Sistematización, se cuenta con una base de datos donde se informatizan datos temáticos provenientes de las comunidades, a partir de las observaciones realizadas por el Equipo de Campo. Estos datos se utilizan posteriormente para la producción de documentos de análisis. La institución cuenta con una Biblioteca, donde se encuentran estos documentos y otros numerosos trabajos relacionados a comunidades indígenas.
Finalmente, PCI acompaña administrativamente a iniciativas indígenas e indigenistas emergentes, así como canaliza fondos para iniciativas, organizaciones y equipos de trabajo independientes.