Para PCI, el componente organizativo tiene una importancia relevante en el trabajo y se convierte en la base para el desarrollo de las acciones, en los niveles personal, organizacional y estructural.
PCI, desde su diálogo intercultural, pretende la transformación positiva de la participación comunitaria posibilitando un mayor protagonismo de grupo y menos personalista.
Los elementos que integran la propuesta son las siguientes:
El componente organizativo es transversal en todas las áreas de intervención de PCI. Se busca fortalecer las estructuras organizativas propias y promover la cohesión interna. La figura de la comunidad es una construcción relativamente nueva y que muchas comunidades tienen un camino poco recorrido. Estas comunidades requieren un proceso de reorganización y reestructuración de sus sistemas sociales y políticos. Sus miembros pertenecen, a su vez, a sistemas organizativos más abarcantes que la propia comunidad, definidas por lazos de parentesco.
Por otro lado, PCI acompaña una mayor comunicación entre las comunidades y las instancias públicas para iniciar procesos de mayor protagonismo en la interlocución e incidencia política en defensa de sus derechos. Este proceso requiere todavía acompañamiento debido a la estimgmatización indígena y la discriminación sociopolítica existente.