El objetivo del área de Sistematización, consiste en la administración apropiada de datos informatizados, actualizados permanentemente que sea comprendida como herramienta útil para trabajos de seguimiento, planeación, evaluación y reflexiones institucionales, colaborando para el fortalecimiento de las comunidades.
En el área de Sistematización se cuenta con una base de datos informatizada, actualizada permanentemente y precisa, para apoyar el trabajo de planeación, seguimiento y evaluación de las áreas de producción y salud. Se cuenta con un Centro de Documentación consolidado, con una sección bibliográfica temática y una sección de audiovisuales (a partir del trabajo del Equipo de Comunicación) ordenadas por comunidad y temáticamente, que sirve a la formación del equipo institucional y procesos de reflexión en las comunidades.
PCI cuenta con una Biblioteca que cuenta con importantes publicaciones relacionadas al mundo indígena.